Gli scienziati hanno mappato il preciso meccanismo molecolare attraverso cui l'enzima batterico ApaH rimuove i cap "alarmone" dalle molecole di RNA. Questi cap Np4 si accumulano sui trascritti batterici durante situazioni di stress e influenzano l'espressione genica e la durata di vita dell'RNA. Utilizzando la cristallografia a raggi X, saggi biochimici e simulazioni di dinamica molecolare, il team ha dimostrato che ApaH è in grado di legare il proprio substrato in due orientamenti alternativi, grazie a una combinazione di riconoscimento non specifico e semi-specifico. Nonostante questa flessibilità, l'enzima rimuove efficacemente i cap da diversi tipi di RNA. Aspetto fondamentale: la capacità dell'enzima di accogliere i substrati in due orientamenti implica che gli inibitori progettati per mimare il substrato in un orientamento possano essere aggirati quando il substrato si capovolge — una considerazione cruciale per la progettazione di antibiotici che prendono di mira ApaH.
