La profilazione della metilazione del DNA classifica il neuroblastoma in tre sottotipi clinicamente distinti

Il neuroblastoma è uno dei tumori pediatrici clinicamente più eterogenei, con uno spettro che va da tumori a regressione spontanea a malattie aggressive ad alto rischio con una mortalità superiore al 50%. La stratificazione del rischio attuale si basa su età, stadio della malattia, amplificazione di MYCN e stato della delezione 11q. Evidenze recenti suggeriscono che i meccanismi di mantenimento dei telomeri (TMM) — sia la riattivazione di TERT sia la via dell'allungamento alternativo dei telomeri (ALT) — siano potenti fattori prognostici indipendenti. Questo studio ha valutato se un classificatore basato sulla metilazione del DNA potesse stratificare il neuroblastoma in sottogruppi molecolari clinicamente rilevanti.

I ricercatori hanno applicato il classificatore Molecular Neuropathology (MNP) v12.5 a due coorti: una coorte svedese locale di 90 tumori e 213 campioni disponibili pubblicamente dal database statunitense Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET). Sono stati utilizzati array di metilazione (Illumina 450K/EPIC) e i punteggi calibrati (CS) hanno determinato una classificazione sicura (CS ≥ 0,9), un'associazione (CS 0,3–0,89) o nessuna corrispondenza (CS < 0,3). I risultati del classificatore sono stati correlati con alterazioni genomiche — tra cui amplificazione di MYCN, riarrangiamenti di TERT, mutazioni di ATRX, marcatori ALT (c-circles) e alterazioni del numero di copie cromosomiche — nonché con i dati di sopravvivenza dei pazienti.

A livello di superfamiglia, il 90% di tutti i 303 campioni è stato classificato come neuroblastoma con elevata confidenza. A livello di sottoclasse, circa il 66% ha raggiunto una classificazione sicura: tipo MYCN, ALT/TERT TMM positivo o TMM negativo. La validazione genomica nella coorte locale ha confermato che tutti i casi classificati come TMM positivi per i quali erano disponibili dati presentavano alterazioni di TERT o ATRX oppure positività ai c-circles. È degno di nota il fatto che alcuni tumori con riarrangiamento di TERT siano stati classificati come tipo MYCN anziché TMM positivi, il che suggerisce che i pattern di metilazione guidati da MNA possano sovrascrivere o sovrapporsi alle firme epigenetiche associate a TERT. Un sottogruppo di casi di tipo MYCN era privo di evidente amplificazione genomica di MYCN, implicando potenzialmente mutazioni attivanti di ALK come driver di un analogo panorama di metilazione.

L'analisi di sopravvivenza ha mostrato che i pazienti di tipo MYCN e ALT/TERT TMM positivi avevano esiti comparabilmente sfavorevoli, entrambi significativamente peggiori rispetto al gruppo TMM negativo. Gli array di metilazione hanno inoltre consentito di inferire le alterazioni del numero di copie cromosomiche: la delezione 1p e il guadagno 17q erano arricchiti nei tumori di tipo MYCN, mentre combinazioni di perdita 11q, perdita 3p, guadagno 7q e guadagno 17q caratterizzavano i casi TMM positivi. Ciò apre la possibilità che gli array di metilazione possano sostituire o affiancare gli array SNP per la profilazione genomica standard.

Sebbene il classificatore abbia dimostrato buone prestazioni complessive, circa il 34% dei campioni non ha raggiunto un'assegnazione sicura a livello di sottoclasse, e in una minoranza non trascurabile di casi sono state osservate discrepanze tra le caratteristiche genomiche e la classificazione per metilazione. Gli autori riconoscono i limiti dello studio, tra cui le differenze nella composizione delle coorti, la variabilità delle piattaforme di array e l'assenza di dati TMM completi per tutti i campioni. Ciononostante, lo studio afferma la classificazione basata sulla metilazione del DNA come un promettente strumento diagnostico molecolare per il neuroblastoma, con il potenziale di integrare lo stato TMM, le alterazioni del numero di copie cromosomiche (CNA) e la stratificazione del rischio in un unico saggio.