Longevity & AgingUn catalogue quasi complet du génome intestinal issu de 41 pays affine notre modélisation du métabolisme microbien
Des chercheurs ont mis au point HRGM2, une version élargie de la ressource Human Reference Gut Microbiome, qui rassemble 155 211 génomes non redondants et quasi complets, issus de 4 824 espèces de procaryotes réparties dans 41 pays. Chaque génome répond à des seuils de qualité stricts (complétude d'au moins 90 %, contamination d'au plus 5 %). Cela représente une hausse de 66 % du nombre de génomes et de 50 % du nombre d'espèces par rapport au catalogue Unified Human Gastrointestinal Genome. Selon les auteurs, cette ressource améliore le profilage des espèces à partir de l'DNA, aide à résoudre les différences au niveau des souches et facilite l'étude des gènes de résistance aux antibiotiques dans l'intestin. Le recours exclusif à des génomes de haute qualité a également permis de construire automatiquement des modèles métaboliques à l'échelle du génome pour des communautés intestinales entières ; d'après les auteurs, ces modèles révèlent des interactions métaboliques entre microbes associées à des maladies. Il s'agit d'un outil fondamental pour la science du microbiome, et non d'un essai clinique, mais il pourrait rendre plus fiables les futures recherches sur la santé intestinale et le vieillissement.
