Pourquoi les greffes de microbiote fécal fonctionnent de façon inégale dans les MICI et comment une thérapie de précision du microbiote pourrait y remédier

<p>La maladie inflammatoire chronique de l'intestin (MICI), qui comprend la rectocolite hémorragique (RCH) et la maladie de Crohn (MC), est une affection chronique sans traitement curatif. Les chercheurs pensent qu'elle résulte de l'interaction entre un microbiote intestinal altéré et une susceptibilité génétique. Le succès de la transplantation de microbiote fécal (TMF) dans les infections récidivantes à Clostridioides difficile a fait naître l'espoir de traitements fondés sur le microbiome dans les MICI. Cette revue se demande ce que les essais menés jusqu'ici dans les MICI ont appris et comment construire une approche plus précise.</p>

<p>Il s'agit d'une revue narrative d'études précliniques et cliniques, et non d'un nouvel essai. Les auteurs soutiennent que l'infection à C. difficile et les MICI sont mécaniquement différentes. Dans l'infection à C. difficile, la TMF restaure principalement la résistance à la colonisation contre un seul pathogène, de sorte que presque n'importe quel donneur sain convient. Les MICI ne sont pas une infection, mais une interaction complexe entre des microbes variés et la susceptibilité de l'hôte ; les souches spécifiques et leurs fonctions comptent donc. Plusieurs produits biothérapeutiques vivants (LBP) commerciaux, approuvés ou efficaces contre C. difficile, n'ont pas atteint leurs critères d'évaluation principaux dans la RCH, même lorsque l'implantation au niveau des souches était documentée.</p>

<p>Concernant l'efficacité, une méta-analyse de 12 études portant sur 550 participants a montré une rémission clinique plus élevée avec la TMF qu'avec le contrôle dans la RCH (risque relatif 1,79, IC à 95 % 1,13–2,84). Il n'existe qu'un seul essai randomisé dans la MC, et il portait sur le maintien de la rémission. La variabilité des donneurs semble être une source majeure de résultats incohérents. Dans un essai sur la RCH avec donneur unique, 4 donneurs sur 8 expliquaient les 6 rémissions, tandis que 4 donneurs utilisés chez 25 des 51 receveurs n'en ont produit aucune. Un autre essai, avec une sélection rigoureuse des donneurs, a pourtant échoué. Les stratégies de mélange de donneurs tendent à améliorer l'efficacité, mais masquent les caractéristiques des donneurs qui comptent. Les réponses ont été associées à des taxons tels qu'Odoribacter, Faecalibacterium, Eubacterium hallii et Roseburia inulivorans, ainsi qu'à l'absence de Fusobacterium, de Sutterella et d'E. coli. Un produit lyophilisé issu de donneurs efficaces, administré après un préconditionnement antibiotique dans l'essai LOTUS, a lui aussi permis d'obtenir une rémission.</p>

<p>Les facteurs liés au receveur et au protocole influencent également les résultats. Les répondeurs étaient plus souvent des patients atteints d'une forme légère, limitée au côté gauche, avec une calprotectine fécale plus basse et sans traitement biologique ou avancé antérieur. Ils avaient aussi tendance à présenter une richesse en espèces initiale plus élevée, bien que l'implantation des souches ait été plus facile chez les patients de moindre diversité. L'administration par coloscopie semblait plus efficace que les autres voies, et l'effet du préconditionnement antibiotique est débattu : la vancomycine a amélioré l'implantation du LBP à base de spores SER-287, mais ce produit a tout de même échoué cliniquement. Une forte densité bactérienne seule n'a pas restauré l'efficacité du donneur. Les auteurs appellent à une caractérisation pharmacocinétique et pharmacodynamique standard pour guider le dosage des LBP.</p>

<p>La revue présente aussi les pathobiontes des MICI, tels que l'E. coli adhérent-invasif, comme des cibles thérapeutiques. Le résumé met en avant l'alimentation, les xénobiotiques et les interactions hôte-souche spécifiques comme autres leviers. Les principales réserves sont que la plupart des essais de TMF sont de petite taille et hétérogènes, de sorte que les tailles d'effet sont probablement surestimées, et que les critères du « superdonneur » idéal et les règles d'appariement LBP-hôte restent inconnus. Le texte fourni était tronqué au milieu de la section sur les pathobiontes ; le contenu ultérieur n'est donc pas couvert ici.</p>