80 essais cliniques révèlent quels régimes alimentaires bénéficient ou nuisent à votre microbiote intestinal

Le microbiote intestinal se situe à l'intersection de l'alimentation et de presque toutes les grandes maladies chroniques — des dysfonctionnements métaboliques et de l'inflammation jusqu'aux troubles neurologiques et psychiatriques. Malgré un intérêt croissant de la recherche, les revues systématiques antérieures ont compliqué l'interprétation en regroupant des régimes de comparaison hétérogènes, rendant difficile l'isolation de l'effet réel d'un seul mode alimentaire. Cette revue a abordé ce problème en se concentrant exclusivement sur les changements intra-groupe à partir des valeurs de référence, en traitant chaque bras alimentaire de manière indépendante sur 80 essais contrôlés.

Les chercheurs ont interrogé cinq grandes bases de données jusqu'en décembre 2024, identifiant 80 études testant 13 interventions alimentaires : méditerranéenne, occidentale, coréenne, japonaise, nordique, pauvre en FODMAP, cétogène, sans gluten, à restriction calorique, à macronutriments modifiés, à base animale, à base végétale, et des régimes enrichis en nutriments fonctionnels ou en composés bioactifs tels que les polyphénols et les fibres. Les critères de jugement principaux étaient la diversité alpha, la diversité bêta et la composition taxonomique du microbiote intestinal. Les critères secondaires comprenaient des biomarqueurs sanguins, fécaux et urinaires, notamment les acides gras à chaîne courte (AGCC), les marqueurs inflammatoires et les indicateurs métaboliques.

Un groupe clairement bénéfique a émergé : les régimes méditerranéen, japonais, coréen, à restriction calorique, riche en polyphénols, riche en fibres, à base végétale et pauvre en graisses ont tous augmenté les abondances relatives de genres producteurs d'AGCC tels que Faecalibacterium, Roseburia et Bifidobacterium, ainsi que des bactéries productrices d'acide lactique, tout en réduisant les pathogènes opportunistes. Plusieurs de ces régimes correspondaient également à des réductions des marqueurs inflammatoires systémiques tels que la CRP et les cytokines pro-inflammatoires. À l'inverse, les régimes occidental, à base animale, cétogène, pauvre en FODMAP et sans gluten étaient associés à une diminution des bactéries productrices d'AGCC, soulevant des inquiétudes quant aux implications à long terme sur la santé intestinale pour des régimes de plus en plus populaires dans les contextes cliniques et grand public.

Un résultat notable était l'absence de changements cohérents dans la diversité alpha ou bêta à travers toutes les interventions alimentaires — suggérant que les métriques de diversité de la communauté dans son ensemble pourraient être moins sensibles ou moins réactives aux changements alimentaires que les modifications de composition au niveau taxinomique. Cela a des implications méthodologiques sur la manière dont les critères de jugement liés au microbiote intestinal sont sélectionnés et interprétés dans les futurs essais alimentaires.

Cette revue n'est pas sans mises en garde importantes. L'hétérogénéité substantielle des schémas d'étude, des méthodes de séquençage (ARNr 16S vs métagénomique), de la durée, de l'état de santé des populations et des standards de rapportage a rendu impraticable une méta-analyse formelle. Les auteurs soulignent également que la composition initiale du microbiote prédit fortement la réponse microbienne à l'alimentation, compliquant davantage la synthèse inter-études. Néanmoins, en évaluant systématiquement les changements intra-groupe et en traitant chaque bras d'essai de manière indépendante, cette revue offre la synthèse la plus granulaire et la plus exploitable à ce jour de la façon dont des modes alimentaires spécifiques façonnent le microbiote intestinal humain.