Novo mapa espacial revela onde as marcas de RNA m6A estão localizadas em tecidos intactos de camundongos

As modificações do RNA formam uma camada regulatória chamada epitranscriptoma. A m6A é uma das marcas mais abundantes e influencia a estabilidade do RNA, a tradução e o destino celular. Ela tem sido associada ao desenvolvimento, à neurobiologia, ao câncer e a processos relacionados ao envelhecimento. No entanto, a maior parte do perfilamento de m6A depende de homogenatos de tecido, que eliminam a informação sobre onde, dentro do tecido, ocorre uma modificação.

Os autores desenvolveram o m6A-ARTR-DBiT, que combina uma abordagem de detecção de m6A baseada em transcrição reversa (ARTR-seq) com a codificação por barcodes determinística no tecido (DBiT). Isso permite mapear a m6A em todo o transcriptoma em cortes de tecido, preservando o contexto espacial nativo. Eles aplicaram o método a tecidos embrionários de camundongo e a cérebros de camundongos adultos.

O ensaio produziu panoramas de m6A com resolução espacial e revelou características de m6A associadas a regiões em diferentes domínios funcionais. Quando os autores compararam os perfis espaciais de m6A com transcriptomas espaciais do mesmo tipo de tecido, os níveis de m6A se correlacionaram positivamente com a expressão de metiltransferases de m6A e de proteínas de ligação. Essa comparação permitiu a identificação sistemática da regulação epitranscriptômica específica de regiões do tecido. No hipocampo de camundongo, o método resolveu a organização da m6A em estruturas anatômicas de pequena escala.

A principal implicação é uma nova plataforma para estudar a modificação do RNA em tecido intacto. Ela pode ajudar pesquisadores a investigar como a deposição de m6A com padrão espacial molda a regulação gênica no desenvolvimento, nos circuitos neurais e em doenças, incluindo condições relacionadas ao envelhecimento nas quais a maquinaria de m6A tem sido implicada.

Ressalvas: apenas o resumo estava disponível, portanto não foi possível avaliar detalhes sobre resolução, sensibilidade, validação com métodos ortogonais e tamanhos amostrais. O trabalho foi feito em tecido de camundongo, as correlações não demonstram causalidade, e vários autores declaram interesses comerciais em empresas relacionadas a RNA e a ômicas espaciais.