Por qué los trasplantes de microbiota fecal funcionan de forma desigual en la EII y cómo la terapia de precisión del microbioma podría solucionarlo

La enfermedad inflamatoria intestinal (EII), que incluye la colitis ulcerosa (CU) y la enfermedad de Crohn (EC), es una afección crónica sin cura. Los investigadores creen que surge de la interacción entre una microbiota intestinal alterada y la susceptibilidad genética. El éxito del trasplante de microbiota fecal (TMF) en la infección recurrente por Clostridioides difficile despertó esperanzas de un tratamiento basado en el microbioma para la EII. Esta revisión se pregunta qué se ha aprendido hasta ahora de los ensayos en EII y cómo podría construirse un enfoque más preciso.

Se trata de una revisión narrativa de estudios preclínicos y clínicos, no de un nuevo ensayo. Los autores sostienen que la infección por C. difficile y la EII son mecanísticamente diferentes. En C. difficile, el TMF restablece principalmente la resistencia a la colonización frente a un único patógeno, por lo que casi cualquier donante sano sirve. La EII no es una infección, sino una interacción compleja entre microbios diversos y la susceptibilidad del huésped, por lo que las cepas específicas y sus funciones importan. Varios productos bioterapéuticos vivos (LBP) comerciales aprobados o exitosos para C. difficile no alcanzaron los criterios de valoración principales en la CU, incluso cuando se documentó el injerto a nivel de cepa.

En cuanto a la eficacia, un metanálisis de 12 estudios con 550 participantes encontró una mayor remisión clínica con TMF que con el control en la CU (razón de riesgo 1,79; IC del 95 %: 1,13–2,84). En la EC solo existe un ensayo aleatorizado, y evaluó el mantenimiento de la remisión. La variabilidad entre donantes parece ser una fuente importante de resultados inconsistentes. En un ensayo de CU con un solo donante por paciente, 4 de 8 donantes explicaron las 6 remisiones, mientras que 4 donantes utilizados en 25 de 51 receptores no produjeron ninguna. Otro ensayo con una selección cuidadosa de donantes también fracasó. Las estrategias con donantes combinados tienden a mejorar la eficacia, pero ocultan qué características del donante son relevantes. Las respuestas se vincularon con taxones como Odoribacter, Faecalibacterium, Eubacterium hallii y Roseburia inulivorans, y con la ausencia de Fusobacterium, Sutterella y E. coli. Un producto liofilizado procedente de donantes eficaces, administrado tras un preacondicionamiento con antibióticos en el ensayo LOTUS, también logró la remisión.

Los factores del receptor y del protocolo también influyen en los resultados. Respondieron con más frecuencia los pacientes con enfermedad leve y del lado izquierdo, con menor calprotectina fecal y sin tratamiento biológico o avanzado previo. También tendían a presentar una mayor riqueza de especies basal, aunque el injerto de cepas fue más fácil en pacientes con menor diversidad. La administración por colonoscopia pareció más exitosa que otras vías, y el efecto del preacondicionamiento con antibióticos es objeto de debate: la vancomicina mejoró el injerto del LBP basado en esporas SER-287, pero ese producto aun así fracasó clínicamente. La alta densidad bacteriana por sí sola no restableció la eficacia del donante. Los autores piden una caracterización farmacocinética y farmacodinámica estándar para orientar la dosificación de los LBP.

La revisión también plantea los patobiontes de la EII, como la E. coli adherente-invasiva, como dianas terapéuticas. El resumen señala la dieta, los xenobióticos y las interacciones específicas de cada cepa con el huésped como otras palancas. Las principales salvedades son que la mayoría de los ensayos de TMF son pequeños y heterogéneos, por lo que es probable que los tamaños del efecto estén sobreestimados, y que los criterios ideales de "superdonante" y las reglas de emparejamiento entre LBP y huésped siguen siendo desconocidos. El texto proporcionado se truncó a mitad de la sección sobre patobiontes, por lo que el contenido posterior no se recoge aquí.